全基因组多位点序列分型（wgMLST）和全基因组单核苷酸多态性（wgSNP）

全基因组多位点序列分型 wgMLST 分析

传统的多位点序列分型（MLST） 通常定义七个基因座（管家基因），通过对每个基因座的序列分配等位基因编号后，基于7个等位基因编号的组合对细菌菌株进行分型。

随着二代测序 NGS 技术的发展，传统7个位点的多位点序列分型可以扩展到全基因组多位点序列分型（wgMLST），由于考虑了更多的基因位点，因此可以获得更高的分辨率，因此基于 NGS 的 wgMLST 分析为分析细菌基因组提供了一种快速且经济高效的方法，并且正在迅速取代 Sanger 测序。

BioNumerics 软件提供全流程wgMLST分析功能，可以分析来自各种测序仪或者从NCBI 等公共数据库下载的二代测序数据，对数据进行质控，自动命名等位基因，定义序列型，可以基于不同的分型方案，如MLST，eMLST，rMLST,cgMLST或自定义位点的分型方案进行聚类分析。

全基因组单核苷酸多态性 wgSNP 分析

单核苷酸多态性 (SNP) 是发生在基因组特定位置的单个核苷酸的变异，SNP 总是相对于参考序列定义，当在全基因组序列 (WGS) 进行分析时，称为全基因组单核苷酸多态性（wgSNP）分析。

在任何 SNP分析中，参考序列和样本序列的比对对齐都至关重要，这是有意义地比较每个位置的碱基的唯一方法，BioNumerics 中的 wgSNP 分析依赖于所有序列共线。SNP 分析可被视为对（比对）序列的后分析，其中 SNP 是与参考序列相关的在一个或多个样本序列上确定的。