BioNumerics 数据分析应用

Ridom SeqSphere+ 微生物全基因组分型数据分析软件

 

德国 Ridom 公司开发的 SeqSphere+ 软件是一款用户友好型、专为微生物全基因组分型设计的、无需专业的生物信息学技能即可使用的自动化数据分析解决方案,可以应用于暴发、耐药、毒力等细菌基因组分析中,目前已经被众多研究学者应用于细菌全基因组分型(如cgMLST)数据分析中。该软件可以处理微生物 NGS 和 Sanger 序列数据,软件包含从测序原始数据导入,拼接及分析的一系列自动化工具,因此微生物学者可以将 NGS 全基因组测序技术和 Ridom SeqSphere+ 软件自动化数据分析解决方案轻松应用于微生物全基因组分型的日常研究工作中。



 

 

 

Ridom SeqSphere+ 软件 NGS 数据分析功能:

 

序列分析

 

导入及处理 NGS 和 Sanger DNA 序列数据,读取和分析拼接文件(ACE、BAM、FASTA)。使用集成的 SKESA、Velvet、SPAdes 和 BWA 算法组装原始 reads (FASTQ)。定义从测序原始 reads 修剪、拼接组装到分型数百个 NGS 数据的自动化分析流程。

 

 

全基因组分型分析

 

在核心基因组(core genome)及附属基因组(accessory genome)水平进行等位基因分析和 SNP 分析。使用公共分型方案(cgMLST.org)或使用软件集成的 cgMLST Target Definer 算法创建自定义分型方案。

 

 

耐药、毒力基因及其他分型分析

 

使用 NCBI AMRFinderPlus 进行耐药性预测、VFDB 数据库进行毒力分析,金黄色葡萄球菌 spa 分型,大肠杆菌、单增李斯特菌 geno-serotyping 等。

 

 

数据库功能

 

使用存储在数据库里的实验、流行病学信息和 DNA 序列数据进行检索、导出和生成报告。数据字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的 meta 数据要求。新的序列条目可与数据库中存储的数据进行比较。自动获取簇或可能的暴发提示。管理和备份数据(序列和表型数据)。从 NCBI 下载完整基因组、基因组草图或 SRA reads。只需单击一下即可将原始reads和表型数据提交到 EBI ENA。

 

 

图表功能

 

内置 GIS、epi-curve 和系统发育树算法(最小生成树等),多维度(时间、地点、“人”、类型)互联可视化呈现数据,导出可发表格式(如SVG 和 EMF)的图表。