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Sequencher DNA序列分析软件

Sequencher DNA序列分析软件——最好的DNA Sanger和NGS序列数据分析软件

  如果您的研究涉及到DNA测序,可以体验一下Sequencher 5.4。您可以发现软件在分析Sanger和NGS(Next-Generation Sequenching)数据时具有更强的速度、质量和均一性。Sequencher软件以其快速入门和强大的编辑工具著称,软件运行快速,操作简便。

  Sequencher是Sanger序列分析的全球标准化软件,利用其先进的技术使传统测序组装变得更加容易和可控。对于低质量数据,进行序列修饰也很容易。序列的修饰和组装均可选择最优算法来处理数据。当对不同来源样本进行序列分析时可以自动使用Assemble by Name进行批量分析。从15年前第一个版本到现在,Gene Codes满足了Sequencher用户从放射自显影技术到毛细管电泳,再到NGS数据分析的所有需求。

  NGS分析工具发展迅猛,Sequencher为生物信息学专家开发了许多先进的算法。Sequencher最新版软件NGS技术让大量科学家可以通过简单的软件界面了解和应用超级算法。通过Sequencher软件可实现NGS数据简便上传、快速组装、比对和分析。RNA-Seq分析也是Sequencher新版软件的附加功能。

  Sequencher作为DNA序列分析最好的软件,应用极其广泛:如遗传相关的SNP分析、系统发育分析、人类身份鉴定、疫苗开发和治疗选择的流行病学分析及临床HIV突变分析等。

  Sequencher软件具有快速入门、操作简便和低IT需求的优点,同时有先进的技术支持团队帮助您充分挖掘软件资源。目前,Sequencher在全球超过40个国家里为数众多的学术和政府实验室中使用,在多个基因公司和制药公司中应用于序列分析。

Sequencher应用于Sanger数据分析

  Sequencher提供了您需要的所有分析工具和特征,同时用户界面友好,功能强大:

>>  可导入任意CE仪器的数据。
>>  可对原始数据进行前处理,包括载体序列去除,低质量碱基去除及其他前处理选项。
>>  进行比对,de nove拼接或基于参考序列的拼接,同时参数可灵活设置。
>>  利用Clustal、 MUSCLE算法或几种自定义组装模式进行多序列比对。
>>  可简便将比对数据和相应的电泳峰图对应起来。能够在本地或在线状态下分析电泳峰图的套峰或多余峰。
>>  快速并直观地在原始数据、初始序列及多重序列比对中移动。
>>  组装对话框可显示3种读码框的氨基酸翻译及酶切分析。
>>  对不同来源样本进行序列分析时可以使用Assemble by Name进行批量分析。
>>  对于通用项目可创建模板来节省设置时间。
>>  快速生成报告,并准确记录您的发现。
>>  可返回原始数据,取消对序列的所有操作。
>>  Sequencher差异分析表能够帮助您发现SNPs,比较拼接序列等功能。

Sequencher应用于NGS数据分析

1. 比对和拼接

>>  快速导入NGS读长数据。
>>  利用Velvet进行 de novo拼接,基于参考序列拼接采用Maq,GSNAP和BWA算法。
>>  Sequencher界面使用简便,您在使用生物信息学专家研发的高级工具时无需输入命令行。
>>  利用BWA,GSNAP或Velvet的推荐设置或高级设置参数能够获得最佳的NGS拼接数据。
>>  利用多样本不同标签序列同时对多个DNA样本进行BWA,GSNAP或Velvet拼接。
>>  利用Tablet浏览不同模式的结果,不同颜色高亮显示不同的碱基和读长方向。Tablet从单个序列或者序列对获得信息,然后进行序列对装配。Tablet可以翻译DNA序列,放大缩小,高亮突变碱基。
>>  进行SNP-tolerant比对和GSNAP算法的SNP分析,同时对亚硫酸氢钠处理的DNA样本生成甲基化报告

2. RNA-Seq

>>  Sequencher具有RAN-Seq数据分析组件。
>>  利用Cufflinks、 Cuffmerge 和 Cuffdiff 研究差异表达。
>>  Sequencher图表界面可直接进入更高级的命令行功能,浏览点状图时无需命令行。
>>  可选择不同的结果图,如Volcano散点图,Scatter散点图和条形图,图中的点或条能够链接到对应的数据,从而帮助您更加详尽地挖掘分析结果。

Sequencher拥有先进创新的Sequencher Connections功能

  Sequencher Connections的概念相对简单明确,但其意义深远。它就像Sequencher的一个桌面应用,能够整合第三方功能插件和互联网远程插件。简而言之,连接数据、算法和以科学家为中心的用户界面整合在一个单独的平台上,它能够帮助您连接到全世界的其它资源。

  Sequencher Connections帮助您实现以下功能:
>>  能够平行运行多重分析,每个分析的进程都会显示在控制面板并随时更新。
>>  同时运行多个不同参数的相同应用程序,并显示不同的结果图形。
>>  通过互联网连接NCBI,对目标DNA序列与多个GenBank数据库进行BLAST。
>>  利用local-BLAST查找设备上存储的数据库。
>>  利用Primer-Blast进行引物设计。
>>  利用MUSCLE进行序列多重比对,并生成可视化的系统进化发育树。

Sequencher可用于Windows或Mac平台,序列号可专用或共享,同时:

>>  1年内无限制的技术支持
>>  1年内免费升级
>>  提供网络版序列号
>>  维护成本低

 
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