基于序列的分型

BioNumerics 软件允许使用批量序列组装插件批量导入和组装原始测序图谱文件。参考序列可以从在线数据库或 FASTA,GenBank 等文件格式导入。可以在序列查看窗口中手动注释序列。使用算法(例如 Needleman-Wunsch 和 Wilbur-Lipman 或 BioNumerics 专有算法)进行多重比对。

 

使用多种相似性计算系数及聚类算法(UPGMA、Ward、Neighbor Joining 等)创建聚类并计算相似性或距离矩阵,生成进化树,或以根据地理分布、采样日期、血清型等因素构建最小生成树。